Pour le gouvernement, la loi sur l’autonomie (la LRU) a pour objectifs de donner aux universités la capacité de gérer leurs ressources humaines en fonction de leur stratégie de recherche, de leur politique de formation et des besoins de leurs étudiants. Un de ses volets concernent le statut des enseignants-chercheurs qui n'a pas été réformé depuis le décret de 1984.
Les enseignants-chercheurs ont un statut de fonctionnaire. La loi et ses décrets d'applicatiion doit garantir un juste équilibre entre la possibilité pour les universités d’avoir une certaine souplesse dans la gestion des carrières et l’exigence pour les enseignants-chercheurs de garder le caractère national de leur statut.
Le Conseil National des Universités (CNU) est une instance majoritairement élue, uniquement composée de pairs. Ses sections seront chargées de l’évaluation nationale des activités des enseignants-chercheurs tous les 4 ans. Les classements du CNU guideront au moins 50 % des décisions des universités pour les promotions.
La ministre Valérie Pécresse propose une charte nationale de l’application de ce volet de la loi LRU joignant les présidents d'universités, les doyens de facultés, les directeurs des autres composantes universitaires(IUT, Écoles d'ingénieurs), le CNU et les organisations syndicales.
La mise en place de la loi LRU s'accompagne d'une série de mesures budgétaires: 5 milliards d’euros pour le plan campus, 10 % d’augmentation du budget de chaque université, 730 millions du plan de relance pour la rénovation des locaux.
Par rapport au reste de la fonction publique, le ministère de l'enseignement supérieur reste prioritaire en termes de postes et de budget.
La règle du non renouvellement un poste sur deux après un départ à la retraite ne s'y applique pas. 1 poste sur 6 ne sera cependant pas renouvelé (900 suppressions de postes en 2009).
En contrepartie, les carrières seront revalorisés. Ainsi, les maîtres de conférences recrutés en 2009 auront des salaires supérieurs de 12 à 25% par rapport à 2008.